范安德爾研究所的科學家們在常見代謝物樣本中發現了1000多種以前未檢測到的蛋白質，盡管采用了提取方法來清除它們，但這些蛋白質仍然存在。

該研究結果發表在《自然通訊》雜志上，為科學家提供了新的見解和工具，以改進未來的代謝組學實驗，包括在提取過程中去除這些蛋白質的新方案。該研究并沒有使先前的結果無效，而是強調了在實驗設計和分析中適當的控制和驗證的重要性。

科學的進步往往是偶然和敏銳觀察的結合。在這種情況下，我們在實驗中注意到一個奇怪的結果，深入研究，發現這一巨大的蛋白質景觀通過標準代謝物提取而滑落，”VAI質譜核心主任，該研究的通訊作者Ryan Sheldon博士說。“這些蛋白質會模糊結果，并可能導致假陽性和假陰性。我們希望我們的發現能夠提高人們對這些蛋白質組偷渡者的認識，并進一步加強代謝組學領域的研究。”

長期以來，人們一直認為，用于提取代謝物的化學物質會破壞樣品中存在的蛋白質，從而防止它們干擾最終的分析。該研究表明，一些蛋白質持續存在，這可能會改變所提取樣品的期望表型并改變結果。

為了篩除這些潛在的有問題的蛋白質，謝爾登和他的同事在他們的標準提取過程中增加了一個過濾步驟，去除大于3千道爾頓的蛋白質——這是一個包含大多數蛋白質的閾值。

“最終，我們可以擁有世界上最好的儀器，但如果樣品制備存在問題，那么技術只能帶我們到此為止，”謝爾登說。“確保我們的表型不含任何混淆蛋白對于獲得準確結果至關重要。我們的發現幫助我們做到了這一點。”

該研究由VAI質譜核心研究科學家Molly Hopper博士和當時的van Andel研究所研究生Rae House博士牽頭。House博士現在是VAI Evan Lien博士實驗室的癌癥表觀遺傳學培訓計劃支持的博士后研究員。


（文章來源：www.ebiotrade.com/newsf/2024-7/20240718021020314.htm）